Die Donau-Auen wurden als Nationalpark 1996 unter Schutz gestellt. Dadurch konnte eine der letzten intakten Auenlandschaften in Europa bewahrt werden. Eine artenreiche Tier- und Pflanzenwelt, vielfältige Landschaftsformen und attraktive Bildungs- und Freizeitangebote erwarten die Besucherinnen und Besucher. Die primären Aufgaben der Bewirtschaftung sind die Erhaltung der Artenvielfalt und der naturnahen Auwälder. Sekundäre Aufgaben sind die Holzproduktion, Landwirtschaft, Jagd und Fischerei.

Im 19. Jahrhundert kam es zu den großen Donau-Regulierungen: Der Marchfeldschutzdamm wurde errichtet, der Wiener Durchstich gebaut. In den 1950er Jahren begann der Ausbau einer nahezu lückenlosen Kette von Flusskraftwerken im österreichischen Teil der Donau. 1984 drohte mit dem geplanten Bau des Kraftwerkes Hainburg die Zerstörung eines der letzten frei fließenden Donauabschnitte mit seinen Auwäldern. Nach heftigen landesweiten Protesten gegen den Kraftwerksbau Hainburg wurde die Idee des Schutzes für die Donau-Auen unterhalb von Wien konkretisiert: Umfassende Schutz- und Bewirtschaftungskonzepte für einen zukünftigen Nationalpark wurden erstellt. Am 26. Oktober 1996 wurden die Donau-Auen unterhalb von Wien zum Nationalpark erklärt.

Mit einer Fläche von rund 2.300 Hektar ist die Lobau Wiens größter Beitrag zum Nationalpark. Das Gebiet entspricht 24 Prozent der Gesamtfläche des Nationalparks Donau-Auen. Durch die Unterschutzstellung als Nationalpark konnte die einzigartige und aus ökologischer Sicht sehr bedeutende Auenlandschaft der Lobau gerettet werden. Die Ausweisung als Biosphärenreservat, Ramsar-Schutzgebiet und Natura 2000-Gebiet unterstreichen die ökologische Bedeutung der Lobau. Durch spezielle Managementpläne ist der langfristige Schutz dieser Lebensräume gewährleistet. Durch gezielte Besucherlenkung kann das Forstamt der Stadt Wien Freizeitnutzung und Naturschutz in Einklang bringen. Sekundäre Aufgaben sind die Holzproduktion, Landwirtschaft, Jagd und Fischerei.

Im Schutzgebiet befinden sich mehr als 700 Arten höherer Pflanzen, mehr als 30 Säugetier- und 100 Brutvogelarten, 8 Reptilien- und 13 Amphibienarten sowie rund 60 Fischarten.